DNA Hub

Dati DNA supportati

Interpretazione dei dati DNA grezzi con IA

Kantesti legge direttamente i file di dati grezzi dei principali servizi di test DNA consumer e i file VCF, oltre ai referti genetici di qualsiasi laboratorio in PDF o come foto. Ecco cosa è supportato e come ottenere il file.

File supportati

OrigineTipo di fileLimite
Dati grezzi di 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FTDNA, LivingDNA.txt, .csv, .tsv, anche in archivio .zip o .gzUn file, fino a 80 MB
VCF di un laboratorio o di un servizio di sequenziamento.vcf, anche .vcf.gzUn file, fino a 80 MB; rsID nella colonna ID
Referto genetico di qualsiasi laboratorioPDF, JPG, PNGFino a 6 file; PDF fino a 20 MB, foto fino a 10 MB ciascuna
Righe di genotipo copiate da un refertoTesto incollato: rsID, cromosoma, posizione, genotipoFino a 2.000.000 di caratteri

Dal kit del test DNA al referto genetico

Kit per test DNA e provetta per la saliva accanto a file di dati DNA grezzi TXT, CSV, VCF e ZIP caricati su un server sicuro
File di dati DNA grezzi provenienti da test DNA consumerSono supportati i file grezzi di 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA e LivingDNA, oltre ai VCF, anche compressi in .zip o .gz.
Chip di genotipizzazione a microarray con punti colorati e una lente che mostra le coppie di genotipi AG, CT, GG e AT
Un array di genotipizzazione legge il DNA come coppie di lettereGli array di genotipizzazione riportano ogni marcatore come coppia di lettere, ad esempio AG o CT, e queste coppie formano il file di dati DNA grezzi. Kantesti confronta quel file con 334 marcatori selezionati.
Coppie di genotipi che passano in un imbuto filtrante verso un’elica di DNA con il badge 334 del pannello di marcatori
Il file di genotipi grezzo, ridotto a 334 marcatori selezionatiIl file DNA grezzo viene analizzato sul server e confrontato con 334 marcatori selezionati in 20 aree di salute. Ogni risultato dell’IA viene poi verificato sul file.
Scheda di un file DNA con tre spunte, un indicatore nella zona verde e uno scudo: controllo qualità dei dati DNA grezzi
Controllo qualità del file DNA grezzo caricatoIl file DNA grezzo caricato viene letto sul server, che provenga da un test DNA consumer o da un VCF. Ogni risultato dell’IA nel referto viene verificato su quel file.

Come scaricare i dati DNA grezzi

Ogni servizio consente di scaricare i dati grezzi dalle impostazioni dell’account. I nomi dei menu cambiano di tanto in tanto; i passaggi qui sotto descrivono il percorso abituale.

23andMe

  1. Acceda all’account e apra le Impostazioni.
  2. Trovi la sezione 23andMe Data e richieda il download dei dati grezzi.
  3. Scarichi il file .zip quando arriva l’e-mail e lo carichi così com’è.

AncestryDNA

  1. Acceda all’account e apra le impostazioni DNA del test.
  2. Scelga Scarica dati DNA e confermi tramite l’e-mail ricevuta.
  3. Carichi il file .zip scaricato.

MyHeritage

  1. Apra il menu DNA e vada su Gestisci kit DNA.
  2. Scelga Scarica per il kit e confermi via e-mail.
  3. Carichi il file .zip o .csv.

FamilyTreeDNA

  1. Apra myDNA e i risultati autosomici.
  2. Scelga Download Raw Data e selezioni il file build 37.
  3. Carichi il file .csv.gz.

LivingDNA

  1. Apra i risultati e la sezione di download.
  2. Scarichi il file di dati grezzi.
  3. Carichi il file .txt, .csv o .zip.

VCF

  1. Richieda il file VCF al laboratorio o al servizio di sequenziamento.
  2. Verifichi che la colonna ID contenga gli rsID.
  3. Carichi il file .vcf o .vcf.gz.

Cosa succede al caricamento

Il file viene letto sul server in un unico passaggio in streaming, quindi anche un export di 80 MB richiede pochi secondi. Vengono conservati solo i 334 marcatori del pannello; il resto del genoma non viene archiviato.

  • Il formato e la versione del genoma vengono rilevati automaticamente.
  • Il tasso di genotipizzazione e il numero di marcatori del pannello trovati sono riportati nel referto.
  • Un file illeggibile o non supportato viene rifiutato subito, prima di qualsiasi elaborazione con IA.
  • Un referto in PDF o in foto viene letto direttamente dall’IA, pagina per pagina.
Sezione sulla qualità dei dati di un referto DNA Kantesti

Array, referti e sequenziamento

I test DNA consumer sono array di genotipizzazione: leggono marcatori selezionati, non l’intero genoma, e non rilevano le varianti rare. Un referto è completo solo quanto il file su cui si basa, e i risultati clinicamente rilevanti vanno confermati con test genetici clinici.

Scopra com’è fatto il referto

Un esempio di interpretazione del test DNA, di referto DNA + sangue e di piano di integratori.