DNA Hub

Ondersteunde DNA-data

Interpretasie van rou DNA-data met KI

Vir die interpretasie van rou DNA-data lees Kantesti die rou datalêers van die groot verbruikers-DNA-dienste en VCF-lêers direk, en genetiese verslae van enige laboratorium as PDF of foto's. Hier is wat ondersteun word en hoe u die lêer kry.

Ondersteunde lêers

BronLêerLimiet
Rou data van 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FTDNA, LivingDNA.txt, .csv, .tsv, ook binne .zip of .gzEen lêer, tot 80 MB
VCF van 'n laboratorium of volgordebepalingsdiens.vcf, ook .vcf.gzEen lêer, tot 80 MB; rsID's in die ID-kolom
Genetiese verslag van enige laboratoriumPDF, JPG, PNGTot 6 lêers; PDF tot 20 MB, foto's tot 10 MB elk
Genotipereëls gekopieer uit 'n verslagGeplakte teks: rsID, chromosoom, posisie, genotipeTot 2 000 000 karakters

Van DNA-toetsstel tot genetiese verslag

DNA-toetsstel en speekselbuisie langs TXT-, CSV-, VCF- en ZIP-lêers met rou DNA-data wat na 'n veilige bediener opgelaai word
Rou DNA-datalêers van verbruikers-DNA-toetseRou lêers van 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA en LivingDNA word ondersteun, asook VCF, insluitend lêers wat as .zip of .gz verpak is.
Genotiperingsmikroskikking met gekleurde kolle en 'n vergrootglas wat die genotipepare AG, CT, GG en AT wys
'n Genotiperingskikking lees DNA as letterpareGenotiperingskikkings rapporteer elke merker as 'n letterpaar soos AG of CT, en hierdie pare vorm die rou DNA-datalêer. Kantesti vergelyk daardie lêer met 334 saamgestelde merkers.
Rye genotipepare vloei deur 'n filtertregter in 'n DNA-heliks met 'n 334-kenteken vir die saamgestelde merkerpaneel
Die rou genotipelêer, verfyn tot 334 saamgestelde merkersDie rou DNA-lêer word op die bediener ingelees en met 334 saamgestelde merkers in 20 gesondheidsareas vergelyk. Elke KI-bevinding word dan teen die lêer nagegaan.
DNA-lêerkaart met drie regmerkies, 'n meter in die groen sone en 'n skild: kwaliteitskontrole van rou DNA-data
Kwaliteitskontrole van die opgelaaide rou DNA-lêerDie opgelaaide rou DNA-lêer word op die bediener gelees, of dit van 'n verbruikers-DNA-toets of 'n VCF kom. Elke KI-bevinding in die verslag word teen daardie lêer nagegaan.

Hoe om rou DNA-data af te laai

Elke diens bied 'n aflaai van rou data in die rekeninginstellings. Kieslysname verander van tyd tot tyd; die stappe hieronder beskryf die gewone roete.

23andMe

  1. Meld aan en maak Instellings oop.
  2. Soek die afdeling vir 23andMe-data en versoek die aflaai van die rou data.
  3. Laai die .zip-lêer af wanneer die e-pos aankom. Laai dit net so op.

AncestryDNA

  1. Meld aan en maak die toets se DNA-instellings oop.
  2. Kies Laai DNA-data af en bevestig via die e-pos wat u ontvang.
  3. Laai die afgelaaide .zip-lêer op.

MyHeritage

  1. Maak die DNA-kieslys oop en gaan na Bestuur DNA-stelle.
  2. Kies Laai af vir die stel en bevestig per e-pos.
  3. Laai die .zip- of .csv-lêer op.

FamilyTreeDNA

  1. Maak myDNA en die outosomale resultate oop.
  2. Kies Download Raw Data en kies die lêer vir build 37.
  3. Laai die .csv.gz-lêer op.

LivingDNA

  1. Maak u resultate en die aflaai-afdeling oop.
  2. Laai die rou datalêer af.
  3. Laai die .txt-, .csv- of .zip-lêer op.

VCF

  1. Vra die laboratorium of volgordebepalingsdiens vir die VCF-lêer.
  2. Maak seker dat die ID-kolom rsID's bevat.
  3. Laai die .vcf- of .vcf.gz-lêer op.

Wat gebeur wanneer u oplaai

Die lêer word op die bediener in 'n enkele stroomdeurgang gelees, sodat selfs 'n uitvoer van 80 MB net sekondes neem. Slegs die 334 paneelmerkers word behou; die res van die genoom word nie gestoor nie.

  • Die formaat en genoomweergawe word outomaties bespeur.
  • Die call rate en die aantal paneelmerkers wat gevind is, word in die verslag gewys.
  • 'n Onleesbare of nie-ondersteunde lêer word dadelik geweier, nog voor enige KI-werk.
  • 'n PDF- of fotoverslag word direk deur die KI gelees, bladsy vir bladsy.
Afdeling oor datakwaliteit in 'n Kantesti DNA-verslag

Skikkings, verslae en volgordebepaling

Verbruikers-DNA-toetse is genotiperingskikkings: hulle lees geselekteerde merkers, nie die hele genoom nie, en mis skaars variante. 'n Verslag is net so volledig soos die lêer daaragter, en uitvoerbare bevindinge moet met kliniese genetiese toetsing bevestig word.

Sien hoe die verslag lyk

'n Voorbeeld van 'n DNA-toetsinterpretasie, 'n DNA- en bloedverslag en 'n aanvullingsplan.