23andMe
- Connectez-vous et ouvrez les paramètres (Settings).
- Trouvez la section 23andMe Data et demandez le téléchargement des données brutes.
- Téléchargez le fichier .zip dès réception de l’e-mail. Importez-le tel quel.
Données ADN prises en charge
Kantesti lit directement les fichiers de données brutes des principaux services de tests ADN grand public et les fichiers VCF, ainsi que les rapports génétiques de tout laboratoire en PDF ou en photos. Voici ce qui est pris en charge et comment obtenir le fichier.
| Provenance | Fichier | Limite |
|---|---|---|
| Données brutes de 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FTDNA, LivingDNA | .txt, .csv, .tsv, également dans une archive .zip ou .gz | Un fichier, jusqu’à 80 Mo |
| VCF d’un laboratoire ou d’un service de séquençage | .vcf, ainsi que .vcf.gz | Un fichier, jusqu’à 80 Mo ; rsID dans la colonne ID |
| Rapport génétique de tout laboratoire | PDF, JPG, PNG | Jusqu’à 6 fichiers ; PDF jusqu’à 20 Mo, photos jusqu’à 10 Mo chacune |
| Lignes de génotype copiées d’un rapport | Texte collé : rsID, chromosome, position, génotype | Jusqu’à 2 000 000 caractères |
Chaque service propose le téléchargement des données brutes dans les paramètres du compte. Les intitulés des menus changent de temps à autre ; les étapes ci-dessous décrivent le parcours habituel.
Le fichier est lu sur le serveur en un seul passage, en flux continu : même un export de 80 Mo ne prend que quelques secondes. Seuls les 334 marqueurs du panel sont conservés ; le reste du génome n’est pas stocké.
Puces, rapports et séquençage
Les tests ADN grand public reposent sur des puces de génotypage : ils lisent des marqueurs sélectionnés, et non le génome entier, et passent à côté des variants rares. Un rapport n’est jamais plus complet que le fichier dont il est issu, et les résultats exploitables doivent être confirmés par un test génétique clinique.
Un exemple d’interprétation de test ADN, de rapport ADN + sang et de plan de compléments.