DNA Hub

Données ADN prises en charge

Interprétation des données ADN brutes par IA

Kantesti lit directement les fichiers de données brutes des principaux services de tests ADN grand public et les fichiers VCF, ainsi que les rapports génétiques de tout laboratoire en PDF ou en photos. Voici ce qui est pris en charge et comment obtenir le fichier.

Fichiers pris en charge

ProvenanceFichierLimite
Données brutes de 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FTDNA, LivingDNA.txt, .csv, .tsv, également dans une archive .zip ou .gzUn fichier, jusqu’à 80 Mo
VCF d’un laboratoire ou d’un service de séquençage.vcf, ainsi que .vcf.gzUn fichier, jusqu’à 80 Mo ; rsID dans la colonne ID
Rapport génétique de tout laboratoirePDF, JPG, PNGJusqu’à 6 fichiers ; PDF jusqu’à 20 Mo, photos jusqu’à 10 Mo chacune
Lignes de génotype copiées d’un rapportTexte collé : rsID, chromosome, position, génotypeJusqu’à 2 000 000 caractères

Du kit de test ADN au rapport génétique

Kit de test ADN et tube de salive, fichiers de données ADN brutes TXT, CSV, VCF et ZIP envoyés vers un serveur sécurisé
Fichiers de données ADN brutes issus de tests ADN grand publicLes fichiers bruts de 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA et LivingDNA sont pris en charge, ainsi que les VCF, y compris les fichiers compressés en .zip ou .gz.
Puce de génotypage à points colorés et loupe montrant les paires de génotypes AG, CT, GG et AT
Une puce de génotypage lit l’ADN sous forme de paires de lettresLes puces de génotypage indiquent chaque marqueur sous forme de paire de lettres, comme AG ou CT : ces paires composent le fichier de données ADN brutes. Kantesti compare ce fichier à 334 marqueurs sélectionnés.
Paires de génotypes traversant un entonnoir filtrant vers une hélice d’ADN portant un badge 334 : panel de marqueurs
Le fichier de génotypes brut, réduit à 334 marqueurs sélectionnésLe fichier ADN brut est analysé sur le serveur et comparé à 334 marqueurs sélectionnés dans 20 domaines de santé. Chaque résultat de l’IA est ensuite vérifié dans le fichier.
Fiche de fichier ADN avec trois coches, une jauge dans la zone verte et un bouclier : contrôle qualité des données ADN brutes
Contrôle qualité du fichier ADN brut importéLe fichier ADN brut importé est lu sur le serveur, qu’il provienne d’un test ADN grand public ou d’un VCF. Chaque résultat de l’IA dans le rapport est vérifié au regard de ce fichier.

Comment télécharger les données ADN brutes

Chaque service propose le téléchargement des données brutes dans les paramètres du compte. Les intitulés des menus changent de temps à autre ; les étapes ci-dessous décrivent le parcours habituel.

23andMe

  1. Connectez-vous et ouvrez les paramètres (Settings).
  2. Trouvez la section 23andMe Data et demandez le téléchargement des données brutes.
  3. Téléchargez le fichier .zip dès réception de l’e-mail. Importez-le tel quel.

AncestryDNA

  1. Connectez-vous et ouvrez les paramètres ADN du test.
  2. Choisissez Télécharger les données ADN et confirmez via l’e-mail reçu.
  3. Importez le fichier .zip téléchargé.

MyHeritage

  1. Ouvrez le menu ADN et allez dans Gérer les kits ADN.
  2. Choisissez Télécharger pour le kit et confirmez par e-mail.
  3. Importez le fichier .zip ou .csv.

FamilyTreeDNA

  1. Ouvrez myDNA, puis les résultats autosomiques.
  2. Choisissez Download Raw Data et sélectionnez le fichier build 37.
  3. Importez le fichier .csv.gz.

LivingDNA

  1. Ouvrez vos résultats, puis la section de téléchargement.
  2. Téléchargez le fichier de données brutes.
  3. Importez le fichier .txt, .csv ou .zip.

VCF

  1. Demandez le fichier VCF au laboratoire ou au service de séquençage.
  2. Vérifiez que la colonne ID contient des rsID.
  3. Importez le fichier .vcf ou .vcf.gz.

Ce qui se passe lors de l’importation

Le fichier est lu sur le serveur en un seul passage, en flux continu : même un export de 80 Mo ne prend que quelques secondes. Seuls les 334 marqueurs du panel sont conservés ; le reste du génome n’est pas stocké.

  • Le format et la version du génome sont détectés automatiquement.
  • Le taux de génotypage et le nombre de marqueurs du panel trouvés figurent dans le rapport.
  • Un fichier illisible ou non pris en charge est refusé immédiatement, avant tout traitement par l’IA.
  • Un rapport en PDF ou en photo est lu directement par l’IA, page par page.
Section qualité des données d’un rapport ADN Kantesti

Puces, rapports et séquençage

Les tests ADN grand public reposent sur des puces de génotypage : ils lisent des marqueurs sélectionnés, et non le génome entier, et passent à côté des variants rares. Un rapport n’est jamais plus complet que le fichier dont il est issu, et les résultats exploitables doivent être confirmés par un test génétique clinique.

Découvrez à quoi ressemble le rapport

Un exemple d’interprétation de test ADN, de rapport ADN + sang et de plan de compléments.