DNA Hub

DNA-data som stöds

Tolkning av rå DNA-data med AI

Kantesti läser rådatafiler från de stora konsumenttjänsterna för DNA-test och VCF-filer direkt, och genetiska rapporter från valfritt laboratorium som PDF eller foton. Här ser ni vad som stöds och hur man hämtar filen.

Filer som stöds

KällaFilGräns
Rådata från 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FTDNA, LivingDNA.txt, .csv, .tsv, även i .zip eller .gzEn fil, upp till 80 MB
VCF från ett laboratorium eller en sekvenseringstjänst.vcf, även .vcf.gzEn fil, upp till 80 MB; rsID:n i ID-kolumnen
Genetisk rapport från valfritt laboratoriumPDF, JPG, PNGUpp till 6 filer; PDF upp till 20 MB, foton upp till 10 MB vardera
Genotyprader kopierade från en rapportInklistrad text: rsID, kromosom, position, genotypUpp till 2 000 000 tecken

Från DNA-testkit till genetisk rapport

DNA-testkit och salivrör bredvid TXT-, CSV-, VCF- och ZIP-filer med rå DNA-data som laddas upp till en säker server
Rådatafiler från konsument-DNA-testRådatafiler från 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA och LivingDNA stöds, liksom VCF, även filer packade som .zip eller .gz.
Mikroarraychip för genotypning med färgade punkter och ett förstoringsglas som visar genotypparen AG, CT, GG och AT
En genotypningsarray läser DNA som bokstavsparGenotypningsarrayer anger varje markör som ett bokstavspar, till exempel AG eller CT, och dessa par utgör rådatafilen. Kantesti jämför filen med 334 utvalda markörer.
Rader med genotyppar som flödar genom en filtertratt in i en DNA-helix med märket 334 för den kurerade markörpanelen
Rådatafilen, filtrerad ner till 334 utvalda markörerRådatafilen läses in på servern och matchas mot 334 utvalda markörer inom 20 hälsoområden. Varje AI-fynd kontrolleras sedan mot filen.
DNA-filkort med tre bockar, en mätare i grön zon och en sköld, som visar en kvalitetskontroll av rå DNA-data
Kvalitetskontroll av den uppladdade DNA-filenDen uppladdade rådatafilen läses på servern, oavsett om den kommer från ett konsument-DNA-test eller är en VCF. Varje AI-fynd i rapporten kontrolleras mot filen.

Så laddar man ner rå DNA-data

Alla tjänster erbjuder nedladdning av rådata i kontoinställningarna. Menynamnen ändras ibland; stegen nedan beskriver den vanliga vägen.

23andMe

  1. Logga in och öppna inställningarna.
  2. Leta upp avsnittet 23andMe Data och begär nedladdning av rådata.
  3. Ladda ner .zip-filen när e-postmeddelandet kommer. Ladda upp den som den är.

AncestryDNA

  1. Logga in och öppna testets DNA-inställningar.
  2. Välj att ladda ner DNA-data och bekräfta via e-postmeddelandet som skickas.
  3. Ladda upp den nedladdade .zip-filen.

MyHeritage

  1. Öppna DNA-menyn och gå till hanteringen av DNA-kit.
  2. Välj nedladdning för kitet och bekräfta via e-post.
  3. Ladda upp .zip- eller .csv-filen.

FamilyTreeDNA

  1. Öppna myDNA och de autosomala resultaten.
  2. Välj att ladda ner rådata och ta filen i build 37.
  3. Ladda upp .csv.gz-filen.

LivingDNA

  1. Öppna resultaten och avsnittet för nedladdning.
  2. Ladda ner rådatafilen.
  3. Ladda upp .txt-, .csv- eller .zip-filen.

VCF

  1. Be laboratoriet eller sekvenseringstjänsten om VCF-filen.
  2. Kontrollera att ID-kolumnen innehåller rsID:n.
  3. Ladda upp .vcf- eller .vcf.gz-filen.

Vad som händer vid uppladdning

Filen läses på servern i en enda strömmande genomgång, så även en export på 80 MB tar bara några sekunder. Endast de 334 panelmarkörerna sparas; resten av genomet lagras inte.

  • Format och genomversion identifieras automatiskt.
  • Call rate och antalet hittade panelmarkörer visas i rapporten.
  • En oläslig fil eller en fil som inte stöds avvisas direkt, innan något AI-arbete påbörjas.
  • En rapport i PDF- eller fotoformat läses direkt av AI:n, sida för sida.
Avsnittet om datakvalitet i en DNA-rapport från Kantesti

Arrayer, rapporter och sekvensering

Konsument-DNA-test är genotypningsarrayer: de läser utvalda markörer, inte hela genomet, och missar sällsynta varianter. En rapport blir aldrig mer komplett än filen bakom den, och åtgärdbara fynd bör bekräftas med klinisk genetisk testning.

Se hur rapporten ser ut

Ett exempel på tolkning av DNA-test, rapport för DNA + blod och kosttillskottsplan.